Muzejski materijal je razvrstan u pet muzejskih zbirki koje su trenutno u procesu revizije. Materijal je razvrstan u sljedeće zbirke: Zbirka arhivske građe, Zbirka trodimenzionalnih predmeta, Zbirka fotografija, Zbirka umjetničkih djela i Zbirka štampe.

Pored toga, Muzej u svojoj arhivi čuva arhitektonske nacrte, idejne i izvedbene projekte memorijalnog kompleksa Bitka na Neretvi i spomenika na Makljenu, te tematsko - ekspozicione  planove i idejno-istorijske koncepcije postavki koje su organizirane u Muzeju.

Iako tematski nije upućen na istraživanje historije rata od 1992.-1995.godine, Muzej u svojoj arhivi čuva štampu i arhivski materijal koji se odnosi na djelovanje IV korpusa ARBiH.

Cjelokupna građa Muzej dostupna je istraživačima uz prethodnu najavu i odobrenje.